商朝是中国历史上第二个奴隶制王朝，其存在时间大约在公元前1600年至前1046年之间。尽管商朝的历史在中国古代文献中有所记载，但由于年代久远和史料有限，仍然存在着许多争议和谜团。以下是一些与商朝历史相关的争议问题：

1. 商朝的起始时间和结束时间：对于商朝的确切起始年和结束年，学术界一直存在争论。传统上认为商汤灭夏后建立商朝，但具体的年份很难确定。此外，商朝灭亡的时间也存在不同的观点，有人认为是公元前1046年周武王伐纣成功，也有人提出其他可能的年份。

2. 商朝都城的迁移：商朝在其存在的五百多年间多次迁都，其中最著名的是盘庚将首都从奄（今山东曲阜附近）迁到殷（今河南安阳小屯村一带）的事件。然而，对于迁都的原因、次数以及具体地点仍有不同看法。

3. 甲骨文的发现与研究：商代晚期使用的甲骨文是目前所知最早的成熟汉字系统之一。甲骨文中包含了许多有关商朝政治、经济和社会生活的信息，但是对这些文字的解释和翻译仍是一个复杂的过程，时常引发学术讨论。

4. 商王的世系和统治者名单：商朝的王位继承顺序和具体的统治者名单并不完全清晰。虽然《史记·殷本纪》等古籍中有相关记录，但这些资料的可信度受到质疑，尤其是在早期的一些王室成员的名字和事迹方面。

5. 商代的政治结构与社会组织：对于商朝的政治制度和社会组织的了解主要依赖于考古发掘和出土文物。例如，对二里头文化和郑州商城的研究有助于揭示商初的社会面貌，但对于整个商朝社会结构的认识依然有待深入探讨。

综上所述，由于商朝距今已有三千多年的历史，且当时的文献保存下来的数量较少，因此对其历史的准确还原面临着诸多挑战。尽管如此，通过对现有材料的仔细研究和不断的新发现，我们能够逐渐接近商朝的真实历史面貌。